El 17 de maig de 1990 el Professor Puigvert mor. En aquesta època, la Fundació està molt ben posicionada en l'entorn sanitari, ha crescut en dotació i mitjans; manté -sense subvencions de cap tipus- un equilibri econòmic i financer adequat; ha desenvolupat noves tècniques assistencials (litotrípsia extracorpòria, cirurgia endourològica amb làser, registre informatitzat per a l’estudi de la impotència, tractaments de reproducció assistida...) però sobretot, ha consolidat un model de gestió i unes fórmules organitzatives singulars.
Així, desenvolupa plenament les “seves” especialitats i duu a terme les seves activitats a través d'equips multidisciplinaris, en els quals d’altres especialitats avancen i s'expandeixen per ajudar cada vegada més i millor, als uròlegs, als nefròlegs i als andròlegs.
En aquesta etapa, s'esdevé el “primer canvi generacional” en el lideratge mèdic especialitzat. El 1992, el Dr. Pere Barceló substitueix el Dr. Gerardo del Río en la Direcció del Servei de Nefrologia; el 1994, el Dr. José Vicente accedeix a la Direcció del Servei d'Urologia i substitueix el Dr. Norberto Mallo; i el 1994, el Dr. Josep M. Pomerol i Monseny accedeix a la Direcció del Servei d'Andrologia que ocupava el seu pare, el Dr. Josep M. Pomerol i Serra.
Els doctors Barceló, Vicente i Pomerol coronaren així el seu desenvolupament professional a la institució, on anys abans havien iniciat la seva formació com a especialistes.
També en els anys noranta, en l'àmbit sanitari català, es promulga la Llei d'ordenació sanitaria de Catalunya (LOSC); es crea el Servei Català de la Salut (SCS); s'elabora el Pla de salut i es prepara el Pla de serveis i es plantegen diversos reptes: la coordinació de l'assistència primària i l'hospitalària, la conveniència de la gestió assistencial integral i la necessitat d'organitzar els hospitals com empreses de serveis.
En aquest entorn -molt dinàmic- al qual s'han d'adaptar els proveïdors del Servei Català de Salut, la Fundació decideix flexibilitzar les seves estructures organitzatives. Així, s'apropa a la població i en situa el malalt com a eix vertebrador. D'aquesta manera s'aprofundeix en una dinàmica orientada als processos i s'implanta un model de “gestió clínica”, en què implica els metges en la presa de decisions. D'altra banda, amb la col·laboració dels professionals, es modifiquen diversos aspectes de la direcció dels serveis mèdics, la qual cosa permet identificar les línies de millora humanes, tècniques i econòmiques.
